Número de vagas:
Alunos regulares |
Alunos especiais |
Total |
20 |
5 |
25 |
Número mínimo de alunos: 3
Data inicial: 01/07/2024 Data final: 14/07/2024
Data limite de cancelamento: 04/07/2024
Idioma: Português
Docente(s) Ministrante(s) |
Maria Imaculada Zucchi
Maria Lucia Carneiro Vieira
|
Horário / Local:
Segunda - 08:00 às 18:00 - Depto. de Genética
Terça - 08:00 às 18:00 - Depto. de Genética
Quarta - 08:00 às 18:00 - Depto. de Genética
Quinta - 08:00 às 18:00 - Depto. de Genética
Carga Horária
Teórica por semana |
Prática por semana |
Créditos |
Duração |
Total |
10 |
15 |
4 |
2 semanas |
60 horas |
Docentes responsáveis
Maria Imaculada Zucchi
Maria Lucia Carneiro Vieira
Objetivo
O objetivo deste curso é ensinar passo-a-passo como preparar as bibliotecas para o Genoytping-By-Sequencing (GBS). No final do curso, os alunos devem ser capazes de: 1) Descrever as etapas necessárias para preparar bibliotecas para o GBS; 2) Avaliar a qualidade das bibliotecas de DNA digeridas com diferentes enzimas de restrição; 3) Preparar a biblioteca GBS para ser enviada para o sequenciamento Illumina. Também, visa discutir possíveis aplicações de dados gerados por GBS para estudos de genômica populacional; 4) Pretende-se mostrar as abordagens para a filtragem de dados eidentificação de marcadores SNPs.
Conteúdo
Esta disciplina cobrirá aspectos teóricos e práticos do desenvolvimento de bibliotecas genômicas de GBS visando a identificação de marcadores SNP, filtragem de dados usando o pipeline de Stacks e a introdução de análises genômicas populacionais.
Bibliografia
Elshire, R.J.; Glaubitz, J.C.; Sun, Q.; Poland, J.A.; Kawamoto, K.; Buckler, E.S.; Mitchell, S.E. 2011. A robust, simple genotyping-by-sequencing (GBS) approach for high diversity species. PloS One, 6(5), e19379.
Poland, J.; Brown, P.J.; Sorrells, M.E.; Jannink, J.C. 2012. Development of high-density genetic maps for Barley and Wheat using a novel two-enzyme genotyping-by-sequencing approach. PLoS One, 7(2): e32253.
N. Rochette & J. Catchen. Deriving genotypes from RAD-seq short-read data using Stacks. Nature Protocols. 2017.
J. Paris, J. Stevens, & J. Catchen. Lost in parameter space: a road map for Stacks. Methods in Ecology and Evolution2017.
J. Catchen, P. Hohenlohe, S. Bassham, A. Amores, and W. Cresko. Stacks: an analysis tool set for population genomics. Molecular Ecology. 2013.
J. Catchen, A. Amores, P. Hohenlohe, W. Cresko, and J. Postlethwait. Stacks: building and genotyping loci de novo from short-read sequences. G3: Genes, Genomes, Genetics, 1:171-182, 2011.