O Programa de Pós-Graduação Interunidades em Ecologia Aplicada (PPGI EA) tem contado com o apoio da CAPES para oferecer bolsas de estudos aos seus alunos. No entanto, a aprovação no processo seletivo não é garantia de bolsa, pois a existência da mesma depende da liberação por parte da CAPES e do número de bolsas disponíveis no momento do ingresso. A classificação do estudante no processo seletivo determina sua colocação na listagem de atribuição de bolsa de estudos. Os candidatos que ingressam via Política de Ações Afirmativas integram a lista geral, conforme o resultado de sua classificação no cômputo geral de alunos. Esta lista de nomes é constantemente atualizada, conforme as bolsas são oferecidas e aceitas pelos alunos, atendendo a ordem descrita na classificação do processo seletivo. O ingressante pode solicitar por e-mail ao PPGI as informações sobre seu rendimento e classificação, limitando-se ao direito de conhecer sua própria colocação.

Os estudantes que não têm vínculo profissional formal têm prioridade, a qualquer tempo, para recebimento de bolsa. Somente depois de esgotados os candidatos aprovados que não possuem vínculo formal de trabalho é que estes, havendo bolsa disponível, e após análise da justificativa apresentada, poderão ser contemplados. As informações que subsidiam esta análise são observadas na ficha de inscrição do processo seletivo, podendo incluir uma entrevista com o estudante que pleiteia a bolsa. Após o ingresso no programa, o pós-graduando, bolsista ou não, é convidado a submeter seu projeto de pesquisa à FAPESP para solicitação de bolsa de estudos desta agência, prática realizada há mais de 10 (dez) anos no PPGI, prática esta que amplia as possibilidades de aquisição de bolsas pelos alunos, pois libera as da CAPES para outros estudantes, além de valorizar a reescrita do plano de pesquisa, solicitado 6 (seis) meses após o ingresso no programa. Caso o pós-graduando perca o vínculo formal de trabalho durante o seu curso, não terá prioridade para bolsa CAPES, retornando ao final da lista de interessados em obtê-las. Esta dinâmica foi aprovada em reunião da Comissão de Pós-Graduação do Programa Interunidades em Ecologia Aplicada à época da aprovação da Portaria 133 de 2023, da CAPES, que permitiu o acúmulo de bolsa e trabalho remunerado. Cabe ao estudante trabalhador, mediante ciência e aceite do orientador, avaliar como conciliar as duas atividades a fim de cumprir suas obrigações para com a Pós-Graduação.