A Congregação, órgão consultivo e deliberativo superior, é constituída pelo Diretor (seu Presidente), pelo Vice-Diretor, pelos Presidentes das Comissões Administrativas, pelos Chefes de Departamento e por representantes das categorias docente, discente (graduação e pós-graduação ), dos servidores não docentes e dos ex-alunos de graduação. É assessorada pelas Comissões de Atividades Acadêmicas, de Legislação e Recursos, de Convênios e de Administração, Orçamento e Patrimônio (cerca de oitenta membros).
