A Esalq possui doze Departamentos acadêmicos:
- Agroindústria, Alimentos e Nutrição (LAN)
- Ciência do Solo (LSO)
- Ciências Biológicas (LCB)
- Ciências Exatas (LCE)
- Ciências Florestais (LCF)
- Economia, Administração e Sociologia (LES)
- Engenharia de Biossistemas (LEB)
- Entomologia e Acarologia (LEA)
- Fitopatologia e Nematologia (LFN)
- Genética (LGN)
- Produção Vegetal (LPV)
- Zootecnia (LZT)
