Planeja, executa e controla os recursos materiais e financeiros da Unidade, gerindo o orçamento estadual, receitas próprias, projetos e convênios públicos e privados. O setor supervisiona seções subordinadas, monitora saldos departamentais e aquisições federais, elabora relatórios contábeis, presta contas ao TCE-SP e assessora a Diretoria em tomadas de decisões estratégicas.