A administração da ESALQ, conforme o disposto em seu próprio Regimento, no Regimento Geral da Universidade e em seu Estatuto, será exercida primordialmente por seus Colegiados, pela Direção e pelas Comissões Estatutárias.
Congregação
A Congregação da ESALQ/USP é o órgão deliberativo máximo da instituição, responsável pela administração, planejamento e diretrizes acadêmicas. Composta por professores, representantes dos funcionários e alunos.
Conselho Técnico Administrativo
O Conselho Técnico Administrativo é composto pelo Diretor, Vice-Diretor, Chefes de Departamento, Presidentes das Comissões Administrativas, um representante discente e um representante dos servidores não docentes (vinte membros).








